在中国科学院2003年11月中旬召开的学习贯彻三中全会精神座谈会上，何祚庥院士结合中科院实际，提出了他对我国发展先进能源和交通的一些建议。
何祚庥院士说：什么叫做先进生产力？就是要建立先进的、科学的生活方式。我们不能把GDP的增长数字作为实现现代化的最主要目标，而主要目标必须要看老百姓实际生活水平提高到什么程度。另外，我们发展GDP也不能照搬发达国家的某些模式，因为我国人口众多，人均资源低于世界先进水平，像美国那样的浪费资源不可取，我们实现现代化的思维模式也不能向美国看齐。
何祚庥院士说：我国现在的确有对一些能源的利用还是采取传统的、落后的模式，我本人主张应该考虑煤该怎么发电，不是现在的蒸汽机发电模式，而是要考虑用燃料电池发电，利用高温燃料电池来发电，这样的发电转化效率可以达到80％，比起现在正规发电产生的效率40％提高一倍，它气化以后，污染处理比较方便，这是值得考虑的一个重大研究方向。
燃料电池在交通上的应用与发展没有太大的前景，因为燃料电池要做大规模的发电，泄露问题有可能较集中的解决，但是用于交通，要想氢气不泄漏是不可能的，而且泄漏的机率很大，汽油都烧不完，何况氢气，氢气泄露会破坏臭氧层，比氟里昂对环境的破坏还厉害。现在风能的成本已下降到核能成本的一半，既为“风能”，就是有风就有能，没有风就没有能，均衡上有点问题，如果我们能够研究出储能的技术，使其储能技术有大幅度的发展，风能就有前景，而且风能干净，没有污染。对于能源的问题，我们应该要有新一些、大一些的战略思维。
何祚庥说：交通的发展现在出现了以电力驱动全面取代燃烧驱动的趋势。燃油存在三大问题，第一是污染，第二是燃油本身的短缺，以及燃油的利用效率问题。无轨电车比燃油电车效率高，无轨电车可以加上一部分电池驱动。城市交通还可以加上电动汽车，电动自行车，电动自行车应是大多数人私人车的主导模式。
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