目前，全国各地都不同程度地开展了污染源在线监测工作。但由于对排污者是否正常使用了自动监控仪器、谁负责定期校验、多长时间校验一次没有相关规定，致使很多地方的环保部门没有使用在线监测仪测定的数据。如果环保部门不使用在线监测数据，就会大大削弱在线监测的数据以及整个在线监测工作的意义和作用。
关于在线监测设备测定的数据如何使用以及有效性问题，目前只有国家环境保护总局在《关于锅炉烟气在线监测数据有效性问题的复函》（环函【2002】327号）中规定：为提高锅炉排放污染物监测工作的效率和技术水平，国家排放标准《锅炉大气污染物排放标准》要求自2000年3月1日起，新建成使用（含扩建、改造）的单台容量≥14MW（20t／h）锅炉，必须安装固定的连续监测烟气中烟尘和二氧化硫排放浓度及排放量的仪器。因此，按照《锅炉大气污染物排放标准》以及《固定污染源排放烟气连续监测系统技术要求及检测方法》（HJ／T76－2001）的要求安装，经检测符合仪器技术要求，并经验收合格的锅炉排放烟尘和二氧化硫连续监测仪器，其所测定的数据有效，可在环境保护管理工作中使用。当对上述仪器测定的数据有异议时，应采用《锅炉大气污染物排放标准》中规定的方法进行校核。
另外，《排污费征收使用管理条例》第十条规定：排污者使用国家规定强制检定的污染物排放自动监控仪器对污染物排放进行监测的，其监测数据作为核定污染物排放种类、数量的依据。排污者安装的污染物排放自动监控仪器，应当依法定期进行检验。
有关专家认为，在线监测数据经过监测部门严格、科学的比对后，环保部门应当在环境管理中使用，监察部门也可以把这些数据作为排污申报、排污收费的依据等。为此，希望有关部门尽快制订在线监测数据比对、数据使用管理等相关规定，包括监测设备运行期间的管理、数据比对的频次、数据如何使用等管理政策和法规，使在线监测工作走上健康发展之路。