三峡工程总公司与国家环保总局对抗了数十天之后，终于在近日进行了妥协。
2月2日，国家环保总局副局长潘岳向新闻界通报，长江三峡工程开发总公司下属三峡地下电站、三峡工程电源电站以及金沙江溪洛渡水电站“三通一平”等前期工程已经进行了整改措施，将等待环保总局对其进行的环境影响评价通过后再开工建设。至此，国家环保总局1月18日公布的未经环境评价而开工的30个大型工程项目已经全部进行了停工整改。
2003年9月正式实施的《环境影响评价法》授予国家环保总局“一票否决”的权利，对未经过环境评价的工程项目可以进行叫停。
但国家环保总局在2005年1月18日首次对外公布并叫停了30个项目后，截至1月22日，包括三峡工程总公司上述三个项目在内的8个违法项目并未按照要求进行停工整顿。
由于以上三个项目均通过了发改委等部门的审批，三峡总公司负责人在获知国家环保总局的停工禁令后表示惊讶，认为溪洛渡水电站主体工程并未开工，目前仅处于“三通一平”阶段，而另外两个项目属于三峡水电项目的一部分，不需要进行独立的环境评价。因此并未有任何违法行为。三峡总公司拒不停工的态度一度使国家环保总局的禁令受到挑战。
在经过国务院的紧急协商后，1月26日，发改委与国家环保总局联合发布《关于加强水电建设环境保护工作的通知》，针对“三通一平”问题进行了明确，要求水电工程的“三通一平”必须首先编制环境影响评价文件。
发改委与环保总局终于达成共识：《通知》强调在水电开发规划、建设、运行和管理中严格执行环境影响评价制度，确保水能资源的可持续利用。采取从源头开始的、全过程的预防、减缓和补偿措施，解决大规模水电开发带来的生态环境问题。
30个违规项目终于全部停工整顿。潘岳在2月2日的新闻发布中表示：“中国三峡工程总公司负责人经过与环保总局进行沟通，表示对环境影响评价法有了更准确、更全面的理解和认识。”
对于以上违规项目，潘岳表示，环保总局将根据具体情况依法分别处理。对那些试图绕过环评程序，蒙混过关的污染违法项目，将严格按照有关法律法规予以处罚，决不能留下环境隐患；对经过环境影响评价而证明仅是程序违法的项目，在建设项目落实整改措施后尽快办理环评批复手续；对过去、现在、将来所有审批的项目，将通过信息公开等手段进行长期的跟踪监督，如果发现环境违法情况，仍将予以查处。