对于生产过程也大量耗费能源的现象，将来的生物质能跟现有的化石能源格局不同，它的规模比较小，难以达到百万吨级的规模，因此宜多采用就地加工的方式，比如一个县建一个厂。分布式生产将成为未来生物质能的发展方式。如果采用分散的小作坊式建厂进行原料初加工，然后将半成品集中到大的生产厂进行最后的提纯，可以充分将农村地区的生物质资源转换为商品能源，使可再生能源成为农村特色产业，有效延长农业产业链。
据了解，许多国家已经开始重视能量产出投入比这个问题。瑞士政府规定，只有减排效果达到40%以上，才可以拿到补贴。发展到现阶段，补贴的条件更是严格到必须以纤维素为原料。根据美国的经验，生产纤维素时只需耗费很少的化石燃料。
我国有些企业已经慢慢走上了分布式生产这种降低能耗的道路。河南天冠集团一位负责人表示：“秸秆中纤维素的含量在50%左右，6吨多的秸秆才能生产1吨燃料乙醇，所以它需求量相当大，不适合建大的乙醇厂，只适合建万吨级的。由于原料容易发霉和变质，不能把原料大面积地囤到库里，我们便跟农户签订合同，让他们按照我们的需求，分时间段送货。另外，我们还派了专业人士帮助农民对原料进行预处理。”他还强调，他们目前正采取就地加工生产乙醇的方式，有效减少了原料的收集和运输等成本。该集团计划到2012年，选择河南省南阳市境内比较大的乡镇建设10个左右万吨级的纤维素乙醇厂。2008年已在河南省镇平县内建成一个万吨级的纤维素乙醇生产示范厂，目前正在试运行。