中科院沈阳自动化研究所承担了“蛟龙”号载人潜水器控制系统的研制。“蛟龙”号的控制系统整体性能达到了国际先进水平，特别是精确的悬停定位功能在国外载人潜水器上还未实现。这种控制系统采用先进的控制策略，能有效克服潜水器本体、海洋环境、传感器等不确定性干扰，可同时进行自动定向、定深、定高和定速控制，从而实现潜水器长距离全自动航行和悬停定位功能。
日前人力资源社会保障部、国家海洋局对中国载人深潜英雄、英雄集体进行了表彰。被授予“载人深潜英雄”称号的7名“蛟龙号”潜航员中，有3人来自中科院，分别是中科院声学所副研究员杨波、张东升和沈阳自动化所研究员刘开周。
这三位潜航员不仅参与了不同深度下潜作业，更是“蛟龙号”声学和控制系统的研制者之一。他们介绍，由中科院相关研究所攻克的声学系统和控制系统关键技术为“蛟龙”号7000米级海试的成功打下了重要基础。
声学系统相当于“蛟龙”号的嘴巴、耳朵和眼睛，为“蛟龙”号提供了通信、地形地貌探测、障碍物探测、测速和定位等功能。中科院声学研究所研制的高速水声通信技术与国际同类潜水器声学系统相比，功能更完备，综合性能更先进。