电子印章采用PKI技术，保证了信息的完整性和真实性（抗否认性 ），国家《电子签名法》的出台又为其提供了推广使用的法律基础，但是电子印章只能够对电子数据的完整性和真实性进行验证，当加盖有电子印章的文档打印到纸质上时，文档中的印章图片的打印效果与直接插入的印章图片的打印效果无任何差别，因此，由电子文件打印出来的纸质文件一般仅做浏览和存档使用，而不会作为与加盖传统实物印章的文件在电子商务和电子政务的相关方面相互交换和认证。也就是说一方将加盖电子印章的文档打印出来，另一方并不一定认可。
因此，在与外部单位进行信息交互时（签订合同，发放证书等等），所有相关方面要么约定都使用电子签名，要么都使用传统的盖章方式通过纸质文件进行交换，这大大影响了电子印章技术的应用。如何解决这一问题一直是各家电子印章厂商都在寻思解决的问题。目前有些厂商通过采取油墨防伪的方式，有的通过采用特殊的打印机，这些方式都是容易仿冒的，其防伪效果一般不能够为企业用户所接受。目前有些厂商声称采用了数字水印技术，但是那仅仅是在电子文档情况下，可以提取水印信息，而且鲁棒性差，达不到适用的效果，打印出来之后更没有相关的检测手段来检测纸质印章中的水印信息。
北京安证通公司经过对应用的分析，成功地研制出了基于数字水印的电子印章系统，采用该系统加盖的电子印章中嵌入了视眼不可见的水印信息，当含有水印信息的电子印章打印出来之后，利用一个U盘大小的激光检测仪就可以检测出嵌入的水印信息，也可以通过扫描仪将印章图片扫描近电脑，利用水印提取软件就可以提取水印信息，从而达到防伪的目的。
基于数字水印的电子印章将在法院、交通运证管理、各种证照管理、集团企业印章使用管理等方面得到广泛的应用，并将大大提高工作效率。北京安证通公司已经针对不同行业制定了不同的应用解决方案。