2010年2月公布的第一次中国污染普查公报显示，农业排放占2007年全国废水中化学需氧量的43.7%，总氮、总磷的57.2%和67.4%。“污染普查数据的结论，简而言之，就是空气污染的主要来源是工业和汽车尾气等污染，地表水污染主要来自于农业面源污染。”中国环保部一位政府官员如是总结。“污染源普查，在农业源污染中，比较突出的是畜禽养殖业污染问题，畜禽养殖业的化学需氧量、总氮和总磷分别占农业污染源的 96%、38%和56%。”中国社科院农村所生态环境研究室副主任于法稳认为，数据表明，畜禽养殖已经成为农业污染的主要来源。
然而，如何治理规模化畜牧养殖所带来的污染？“最好的办法就是畜牧养殖大户的动物粪便制成有机肥，这样既能实现有机物还田做肥料，又能避免污染水体。”郑风田说。
但有机肥目前的产业环境远未成熟。“我们遇到江苏一个有机肥厂老板，他说只要政府把他拉粪肥的车辆的通行费免去，他就可以盈利。”郑风田说。
政府政策对有机肥产业的支持还非常薄弱。除了北京、上海、江苏等四省市外，全国绝大部分地方对有机肥产业没有补贴。而即便是补贴丰厚的北京市，情况也并不乐观。“北京有机肥一吨卖600元的话，政府补贴可以让农民120元就拿到，但就这样，有些有机肥企业也没法赚钱。”从事生物有机肥推广的北京六和神州生物工程公司技术总监朱安妮说。
畜禽粪便处理更严重的是工业化养殖带来的问题。
朱安妮所在的公司对大型养殖场的畜禽粪便进行化验发现，有些养殖场，为了畜禽快速出栏出笼而喂食的饲料、为控制病害而注射的抗生素，已使这些动物粪便普遍重金属和抗生素超标，再就是钠盐超标。“这些粪便没法做成合格的有机肥，一是容易造成二次重金属污染，再是大量施用高含氯化钠的畜禽粪便，会加重土壤次生盐渍化。”朱安妮说。
但政府官员相对乐观。
环保部一位官员认为，现在动物粪肥处理技术都很成熟，关键是政府要大力推广并给予政策支持和补贴。“在日本，环保部门和国家的补贴，而不是销售收入，是有机肥企业的主要收入。”