有了隧道和钢轨，列车安全运行的另一环节就是调度。科学的调度是保证列车在合理的间距顺次行驶而不发生追尾事故的关键。
北京交通大学一位不愿透露姓名的专家介绍，地铁的运行控制系统基本是从高铁搬过来的，这是一套自动化的信号系统。现在常用的是全自动闭塞分区，即当机车的车轮压到铁轨上造成轨道电路短路，信号机自动变灯光，指示后方来车运行。它可以保证区间内在同一时间只能运行一辆列车。
闭塞后两站间会分成多个闭塞分区，一般是一公里多一点；而闭塞分区中前后车之间将有红灯、黄灯、黄绿灯三个不能驶入的区间，等于是三保险。
尽管自动信号系统已做到万无一失，但是当信号设备因特殊原因失效时，地铁调度还是要靠人工来进行，这就为事故埋下了隐患。
这位北京交通大学的专家表示曾在与北京地铁公司管理者座谈时，建议在快速增加通车里程的同时，要注意安全问题，特别是自动化系统的磨合一定要保证时间，不能萝卜快了不洗泥。
2011年9月27日，造成284人受伤的上海地铁10号线豫园至老西门下行区间两列车追尾事故，就是因为当天设备失电，致使运营信号中断，地铁10号线行车作业人员随即采取人工调度行车方式，但是在人工调度中又未能严格执行相关管理规定所致。
尽管，地铁是用第三轨供电而不像高铁靠接触网供电，不容易受到雷击等自然因素干扰，但是这种系统故障还是偶有发生。
比如，1月17日早晨7:54，北京地铁5号线2033次列车(向北方向)在北苑路北站发生制动不缓解故障，请求救援。此事故对5号线早高峰影响较大，部分车站只得采取相应客流疏导措施。
在王梦恕院士看来，目前地铁建设的大问题是盲目攀比先进性，谁自动化程度高，似乎谁就是高水平。你用10个系统，我就用20个系统，你用20个系统，他就用30个系统。要知道系统越多，出问题的几率就越大，系统简单化才是地铁安全的前提。
高铁要比地铁复杂，但高铁只有十几个系统，而地铁普遍都达到三十几个系统。对此，王梦恕院士曾多次向有关决策部门反映，多次强调：安全、可靠、实用、经济才是地铁发展的目标。